一、区域间发展不均衡日益凸显
由于生物医药产业自身有高投入、高风险、高回报以及研发周期长的特点，致使产业发展必须依托三大集聚的实现：向园区集聚、向经济发达地区集聚、向专业智力密集区集聚。
通过分析各国生物医药产业空间分布可以看出，生物医药产业的核心区域大多数都在本国科研机构密集、经济高度发达的地区聚集。从我国的科研资源和现有的生物医药产业分布现状来看，“十三五”期间，中国生物医药产业仍将进一步集聚于东部沿海地区科研院所和创新能力较强的北京、上海等省份，以及少数中西部的中心城市，区域发展不平衡有进一步强化的趋势。
二、地域性分工更加明确
（一）研发要素进一步集聚于北京和上海
北京市拥有众多高质量的科技研发中心以及丰富的生物医药人才资源，现已承载全国生物医药的技术研发、信息和技术服务等工作。但目前，在生物医药的市场化、产业化、投融资环境等方面都和上海存在较大的差距。此外，北京市生物医药研发成果呈现出明显外溢态势。
上海市的生物医药产业基础以及技术水平位居全国前几名，跨国生物医药企业与国际金融机构繁多，也是生物医药跨国公司在中国的研究开发、营销、制造和投资的汇集中心，未来较长时期内仍将是引领中国生物医药产业发展的中心。
（二）江苏和山东将加速实现生物医药制造环节的集聚
目前，中国生物医药企业以中小企业为主，普遍存在产业配套能力较弱，产业链条未形成，支撑技术、生产装备较落后，基础设施差等一系列问题。江苏和山东以其雄厚的制药基础和大型龙头企业积聚的优势，在“十三五”期间，将成为中国生物医药制造的重要基地。
江苏省生物医药骨干企业实力较强，已有17家企业进入全国制药工业百强行列，将形成以泰州“中国医药城”为中心，南京、苏州、连云港等地差异化发展、特色鲜明的产业发展格局。
山东省依托鲁南制药、齐鲁制药、新华制药、东阿阿胶、福瑞达等一批全国知名的医药大型企业，以基因工程药物、发酵工程药物、生化药物、新型诊断试剂和海洋药物五大领域为重点，打造产业链完善的生物医药制造、流通链条。2013年，山东省生物医药产值已经达到2600亿，未来较长时期内仍将是中国生物医药制造的集聚区基地。
（三）产业发展热点地区将持续涌现
1、深圳和武汉将成为新的增长极
目前，深圳市生物医药研发水平虽然与上海、北京两大研发中心相比差距较大，尤其是高端人才方面比较缺乏。但是，随着中国国家基因库在深圳的建立、深圳市委市政府的大力推动，以及与云计算、物联网等新一代信息技术的融合，深圳市生命科学研究及生物信息安全领域研发水平快速提高，将成为中国在基因技术、生命信息学专项领域的研发中心。到“十三五”末，深圳市有望成为世界领先的基因治疗药物研发与产业化基地、亚洲最大的疫苗生产中心、中国领先的创新药物研发与产业化和药品制剂出口基地。
日前，武汉市生物医药产业仍然处于孕育发展期。但是，湖北省、武汉市高度重视，正全力加速发展生物医药产业。武汉国家生物产业基地计划打造集生物产业研发、孵化、生产、物流、行政、文化、居住为一体的生物产业新城，重点引进世界500强及国内行业前5强、欧美医药研发外包知名企业、国际生物产业转移重大项目等。目前已签订项目入驻协议76个，投资总额102亿元人民币，有38个项目已经开工建设，包括辉瑞中国研发中心、深圳华大基因、药明康德、国药控股、长生生物、远大制药等大型生物医药企业相继入驻。预计到2020年，武汉将集聚生物企业700家，将形成与光电子齐名的又一千亿级产业，成为以生物医药外包、生物制药为主的新兴产业核心区。
2、太原、厦门和兰州等城市将成为新兴热点城市
山西天然资源丰富，气候凉爽干燥，是我国原料药特别是生物产品发酵的最佳地域之一。随着生物医药物流配送体系的建立，将形成以太原为核心，包括大同、晋中、运城、长治、侯马等在内的生物医药产业集群。
福建省将在“十三五”期间加强重点生物医药产业基地和园区的建设，通过筑巢引凤，壮大生物医药产业。计划以厦门海沧生物医药集中区为核心，进一步发挥福州生物医药专业孵化器功能，充分利用三明、永春的生态环境和资源优势，以基因工程药物为重点，加快建设生物医药产业基地。
甘肃省利用丰富的中医药和民族医药资源，通过骨干企业的带动，发展以地域医药资源和民族特色的生物医药。甘肃拥有兰州生物制品研究所、佛慈药业、奇正藏药、独一味制药、甘肃扶正药业、新兰药集团等一批骨干企业，在人用疫苗、口蹄疫疫苗、牦牛血清制品、重离子束生物技术、现代中藏药等方面技术居全国领先地位，部分已达到国际先进水平，具备一定的产业带动能力。
此外，云南昆明、陕西西安等区域中心城市也将成为生物医药的新兴热点城市。
